Contact:Első pálya.Valami meghiusítja a LZ-ben való landolást,egyik csapattárs(Azték)fennakad egy fán,megyünk segíteni de mire odaérünk meghal.Utána ki kell iktatni egy Zavaróadót,majd információt szerzünk Kjongról(aki felügyeli a karantént),majd áttörünk egy ellenörzőpontot.Egy hívás jön Prófétától,majd a találkahelyen egy megfagyott hajónál zsákutcába jutunk.Majd valami elragadja Bohócot elkezdjük üldözni de viszont meghal.
Recovery:Második pálya.Próféta elhamvasztja Bohóc holttestét,aztán egy katonai konténernél csak hullákat találunk.Majd Próféta elküld egy kisfaluba,ahol az archeológusok egy tagja fogolyként tartózkodik.Elindultok a kiszabadítására Pscyho-val.Kiszabadítjátok és elindulsz a találkahelyre,Prófétához de közben megtalálod a másik archeológust holtan(Badowsky).Majd Prófétával együtt egy barlang rendszeren keresztül átjutunk az ásatás helyszínére.
Relic:Harmadik pálya.Itt a pálya elején elragadja valami Prófétát,majd kapcsolatba kerülünk Strickland-el aki elvezet minket egy bázisra,majd az Ásatásra.Ott megtaláljuk Dr.Rosenthal-t de egy fosszilizálódott szénalapú gépezet megfagyaszt ott mindent.Elindulunk az LZ-hez ahol elvisznek a Kikötői rohamhoz.
Assault:Negyedik pálya.Az egyik tiszt elvisz minket Bradley őrnagy-hoz,aki eligazít,hogy nekünk kell kiiktatnunk a Légvédelmi ágyúkat,mert a vadászgépek RADAR-ját valami zavarja.Elindulunk és kapunk még egy feladatot még két ágyúról és egy MPC-ről amelyről adatot szerzünk.Bejutunk a kikötőbe és egy cirkálót felrobbantunk.Majd két helikoptert kiiktatunk majd Strickland és a társai hozzák a tankokat amivel bejutunk a következő völgybe.
Onslaught:Ötödik pálya.Egy tankkal meg kell tisztítani egy vonatállomást,majd 3 Légvédelmi ágyút ki kell iktatni majd egy lőszerraktárra kell hívni a Vadászokat.
Awakening:Hatodik pálya.Az elején egy MPC-ről csak adatokat szerzünk,majd egy ócskavasas telepet kell megtisztítani,mert az az LZ.Utána behatolunk a bányába ahol fogva tartják a túszokat.
Core:Hetedik pálya.Nincs mit tikolni.Idegenek vannak a Földön.Más út híján be kell hatolni az anyahajójukba,ahol kiderül,hogy inváziót akarnak indítani a Föld ellen.
Paradise Lost:Nyolcadik pálya.Strickland utasít,hogy keressünk meg egy eltűnt tengerészgyalogos egységet,de meghaltak.Ránktalál Próféta akivel ki kell jutnunk a Gömbböl.
Exodus:Kilencedik pálya.A Gömb szélén táborozó egységgel kell eljutni a Kivonási ponttig de közbe Helena VTOL-ja lezuhan.Odemegyünk Prófétával,kimentjük majd egy VTOL-lal Próféta és Helena elmennek a USS Constitution-re.Aztán a Kivonási pontnál meg kell védeni a VTOL-okat.Mikor felszállunk Strickland feláldozza magát,hogy mi kimehessünk a Szigetről.
Ascension:Tizedik pálya.A VTOL pilótáját kilövi egy "Scout".Nekünk kell a sérült VTOL-lal megvédeni a kivonást,majd megvédeni egy konvojt,sikertelenül.Utána irány a Consitution.
Reckoning:Tizenegyedik,azaz Utolsó pálya.Megérkezünk a Constitution-re,aztán Pschyo-val elindulunk a CDC(Harcirányító központ)-ba.Megtudjuk,hogy atomcsapást indítanak a sziget ellen.Utána irány a fegyverraktár ahol a Környezeti felvevő egységből leveszik az adatokat.Majd irány a Híd ahol látjuk ahogy Próféta a szigetre szökik,majd nem sokkal utána felrobban a bomba,majd a Gömb 3x-osára nő.Idegenek ostromolják a hajót.megyünk megvédeni a fedélzetet ahol értesítést kapunk,hogy meghasadt a mag és menjünk megjavítani.Utána valami megtámadja a fedélzetet,felvesszük a TAC Gun-t majd megkell ölni egy "Hunter"-t.Aztán a TAC Gun segítségével megölünk egy Hadihajót majd a VTOL-on amit Pschyo vezet végignézhetjük,ahogy a Constitution a Hadihajóval együtt elsüllyed.És egy adást fogunk Prófétától hogy még él!Tehát irány a Gömb.